Op 6 mei 2002 werd Pim Fortuyn vermoord. Eurodusnie was het expliciet niet eens met zijn standpunten, maar keurde de moord af. ‘We waren verbijsterd’, zei woordvoerder Marco van Duijn. ‘Wij zijn tegen geweld en keuren dit absoluut af’. Al snel werd bekend dat de moordenaar een linkse dierenrechtenactivist was. Daarom werd op rechtse internetplatformen opgeroepen tot wraak. Op het platform Stormfront stond bijvoorbeeld: ‘Oorlog aan de antifa, bestorm de kraakpanden.’ Dit baarde Eurodusnie zorgen. De leden namen voorzorgsmaatregelen en gingen zelf wachtlopen bij hun panden. Dit mocht niet baten en zowel bij het pand aan de Boerhaavelaan als bij de Weggeefwinkel in de Koppenhinksteeg werden spullen vernield en ruiten ingegooid. Leidsch Dagblad 8 mei 2002

‘Oorlog aan de antifa, bestorm de kraakpanden.’Binnen linkse groeperingen was de mening verdeeld over de moord op Fortuyn. Op indymedia, een radicaal-linkse site keurden de meeste mensen de moord af. Het Leidsch Dagblad citeerde een van hen: ‘Wie deze moord heeft goedgekeurd mag zich scharen onder de rijen van de werkelijke fascisten.’ Toch waren er ook mensen die zich positief over de moord uitspraken: ‘Only a dead fascist is a good fascist.’ Leidsch Dagblad 8 mei 2002]Het was duidelijk dat er bij linkse groeperingen gemengde gevoelens over de moord bestonden, maar Eurodusnie sprak zich expliciet uit tégen de moord. [[leidsch dagblad die en die dag

Toch reageerden rechtse Fortuyn-aanhangers hun woede op dit collectief af. Eurodusnie kreeg sinds de moord regelmatig anonieme telefoontjes met (doods)bedreigingen. Zij vroegen om bescherming van de politie, maar na een uitgebreid gesprek over de ernst van de situatie besloot de wijkagent niet in te grijpen: ‘Men moest maar weer bellen als er weer iets aan de hand was.’ Leidsch Dagblad 17 januari 2003

Diezelfde avond werden eerst de ruiten van de Weggeefwinkel aan de Koppenhinksteeg ingegooid. Twee uur later werd het pand aan de Boerhaavelaan aangevallen. Er werden ruiten ingegooid en ‘[e]nkelen verschaften zich toegang tot het gebouw en sloegen onder de ogen van de bewoners een kamer kort en klein.’ De politie was pas na tien minuten ter plaatse, toen waren de aanvallers al verdwenen. Leidsch Dagblad 13 mei 2002

‘Waarom? Nooit hebben we aangezet tot haat tegen mensen. Nooit hebben we aangezet tot haat tegen Pim Fortuyn.’Eurodusnie vroeg zich af waarom zij doelwit waren van dit geweld. ‘Waarom? Nooit hebben we aangezet tot haat tegen mensen. Nooit hebben we aangezet tot haat tegen Pim Fortuyn.’ Een dag na de aanvallen publiceerde het ANP een artikel waarin Eurodusnie in verband werd gebracht met het taarten van Pim Fortuyn. Eurodusnie sprak dit tegen, het was volgens hen de Biologische Bakkers Brigade die de taart gooide. Na dit bericht kreeg Eurodusnie weer dreigtelefoontjes en zij waren bang dat zij het middelpunt van de wraakacties zouden worden. ‘Het onjuiste bericht brengt de veiligheid van de panden van Eurodusnie, waar ook mensen met kinderen wonen, ernstig in gevaar.’ Leidsch Dagblad 13 mei 2002

‘Iedere Leidenaar heeft recht op bescherming van de politie, maar ik krijg de indruk dat voor Eurodusnie een uitzondering is gemaakt.’Het feit dat de politie niet ingreep zorgde voor onbegrip bij GroenLinks-raadslid Y. van Delft: ‘Iedere Leidenaar heeft recht op bescherming van de politie, maar ik krijg de indruk dat voor Eurodusnie een uitzondering is gemaakt.’[[Leidsch Dagblad 22 januari 2003]]Eurodusnie besloot een klacht tegen de politie in te dienen.Deze klacht werd echter pas veel later ingediend, omdat de politie aangaf een groep verdachten op het oog te hebben, maar te willen wachten met aanhouden tot ná de People’s Global Action (PGA). Bij dat protest werden veel demonstranten verwacht en zou Eurodusnie kwetsbaar zijn voor wraakacties. Toch werd, ook ná de PGA niemand aangehouden. Volgens Van Delft waren de daders makkelijk te vinden: ‘Het wemelde na die aanval overal van de vingerafdrukken, maar van dat bewijs is nog altijd geen gebruik gemaakt.’ Leidsch Dagblad 22 januari 2003

Door deze gebeurtenissen kwamen verschillende relaties op scherp te staan. Ten eerste de verhouding tussen Eurodusnie en Pim Fortuyn-aanhangers. Deze verhouding was al niet positief, maar tot de moord hadden beide groepen niet veel last van elkaar gehad. Daarnaast bleef de relatie tussen de politie en Eurodusnie problematisch. Eurodusnie-leden voelden zich niet veilig in hun eigen panden en vroegen zich af waarom de politie hen niet beschermde. Tot slot kwam de relatie met de media naar voren. Het Leidsch Dagblad gaf veel aandacht aan Eurodusnie. Zij koos niet expliciet hun kant, maar keurde de houding van de politie af. Eurodusnie kreeg veel ruimte en er kwamen regelmatig leden van het collectief in de krant aan het woord.